Pracownia Genomiki Strukturalnej

Opis badań prowadzonych w pracowni

W pracowni Genomiki prowadzone są badania, których głównym celem jest analiza sekwencji i struktury trójwymiarowej genomu organizmów eukariotycznych. W szczególności zajmujemy się poznaniem związku tej struktury z przebiegiem fundamentalnych procesów takich jak transkrypcja, replikacja czy naprawa DNA. Ponadto, badamy dziedziczenie struktury trójwymiarowej genomu oraz jej zmienność w ramach różnych populacji ludzkich, jak również jej rolę w patogenezie chorób człowieka. Wykorzystujemy najnowocześniejsze metody wysokoprzepustowego sekwencjonowania, w tym długo-odczytowego sekwencjonowania technologią Oxford Nanopore. W pracowni analizujemy dane strukturalne otrzymane z eksperymentów ChIA-PET, Hi-C, Hi-ChIP, GAM oraz inne dane genomiczne m.in.  ChIP-seq, RNA-seq, DNA-seq. Ważnym aspektem naszej pracy jest również bioinformatyczna analiza danych proteomicznych. W szczególności stosujemy techniki dokowania molekularnego, dynamiki molekularnej i uczenia maszynowego do analizy oddziaływań białek z innymi makromolekułami lub związkami małocząsteczkowymi oraz modelowanie homologiczne do przewidywania struktury białek. W ramach grantu IDUB against COVID-19 pracujemy nad zrozumieniem interakcji między białkiem Spike koronawirusów, a ich molekularnym partnerem – białkiem ACE2. Dzięki temu możliwa będzie identyfikacja nowych wirusów z rodziny Coronoviridae, które mogą stanowić zagrożenie dla populacji ludzkiej.

Aparatura

  1. Sekwencjonator MinION Mk1C (2 szt.)
  2. Sekwencjonator MinION Mk1B (1szt.)
  3. Dostęp do klastra obliczeniowego wydziału MiNI PW (4 serwery NVIDIA DGX-A100)

Projekty realizowane w pracowni

  1. Badanie zmienności genetycznej rodzin z Projektu 1000 Genomów z wykorzystaniem długo-odczytowego sekwencjonowania w technologii Oxford Nanopore
  2. Nietoperze jako źródło nowych szczepów wirusów z podrodziny Coronoviridae stanowiących zagrożenie dla populacji ludzkiej. Projekt finansowany jest w ramach grantu IDUB against COVID-19
  3. NanoGAM: metoda badania struktury trójwymiarowej genomu, poprzez zastosowanie długich odczytów sekwencji DNA mikroskrawków z utrwalonych jąder komórkowych

Pracownicy

Skip to content