Pracownia Bioinformatyki i Struktury Genomu powstała w 2022 roku w Centrum Zaawansowanych Materiałów i Technologii CEZAMAT i jest częścią Działu Mikrobiologii, Genetyki Molekularnej i Genomiki. W pracowni prowadzimy analizy bioinformatyczne, mające na celu zrozumienie różnych aspektów biologii molekularnej, takich jak:
1) Analiza funkcjonalna trójwymiarowej struktury genomu, która jest ważną częścią poznania jaką rolę pełnią interakcje chromatyny. Jest to analiza wybranych interakcji genów w celu określenia i przeanalizowania tych, które są zaangażowane w regulację wyspecjalizowanych procesów biologicznych. Tworzymy narzędzia do (i) pomiaru zmian struktury genomu pomiędzy różnymi typami komórek lub warunkami, którym są poddane, (ii) poszukiwania terminów ontologii genów nadreprezentowanych w kontaktach genów – narzędzie GO-a-GO, (iii) powiązania modyfikacji chromatyny z różnymi elementami jej trójwymiarowej struktury.
2) Analiza różnic w ekspresji genów i analiza funkcjonalna tych różnic w badaniach (i) nad uniwersalną platformą do szybkiego testowania szczepionek ochronnych przeciwko COVID-19 i innych chorób wirusowych, (ii) nad leczeniem pacjentów z infekcjami grzybiczymi, (iii) nad sposobem działania terapii skojarzonej oraz rozwoju nowych i skutecznych metod leczenia pacjentów z nowotworami.
3) Analiza metagenomiczna próbek środowiskowych.
4) Analiza danych z eksperymentów badających nowe aspekty organizacji chromatyny. Zastosowanie uczenia maszynowego do powiązania modyfikacji chromatyny z nowymi strukturami.
5) Budowanie modeli prognostycznych do klasyfikacji nowotworów i spersonalizowanego leczenia pacjentów z mięsakami tkanek miękkich.